廣東省藥學會前身為1945年成立的廣州藥師公會，1951年成為中國藥學會廣州分會。1958年在原有基礎上擴大組織，成立中國藥學會廣東分會，負責組織全省藥學科技工作者的相關活動。1985年起，中國藥學會廣東分會一直掛靠在廣東省食品藥品監督管理局省醫藥管理局。1991年，按民政部門文件要求更名為廣東省藥學會。